A terceira temporada confirma a derrota de Zarkon, embora tenha sobrevivido à batalha com Voltron. Shiro desapareceu misteriosamente, o que leva Keith a lançar inúmeras operações de salvamento, sem sucesso.
Lentamente, a equipa começa a seguir em frente e os Leões escolhem novos paladinos. Keith passa a pilotar o Leão Negro, Lance o Vermelho e a Princesa Allura o Azul, o que vai originar uma curva de aprendizagem bastante acentuada.
Nos Galra, a liderança passa para o Principe Lotor, filho de Zarkon, que tem uma forma diferente de pensar, optando por partilhar os espólios com os membros do Império. As primeiras batalhas entre Lotor e Voltron são duras para a equipa, que tem dificuldade em funcionar como um todo, o que coloca em risco a sua sobrevivência, em inúmeras ocasiões.
Aliás, a grande maioria desta temporada é preenchida com várias lições individuais e coletivas, que visam reforçar a sinergia entre a equipa. Ficamos igualmente a saber que Lotor tem uma agenda oculta e que Shiro está vivo, embora seja prisioneiro numa nave Galra.
A equipa acaba por encontrar Shiro, que já não tem qualquer ligação ao Leão Negro, convertendo-se no responsável táctico das missões. No final da temporada, vamos igualmente conhecer a história inerente à criação dos Leões e a identidade dos primeiros Paladinos.